若き天才錬金術師エドとその弟アルは幼い頃に病気で喪った母を錬金術で蘇らせようとして失敗。代償として、エドは右腕と左足を、アルは魂を残して肉体そのものを失ってしまう。 深い傷を負った二人は、自分達の身体を取り戻す為、絶大な力を持つ「賢者の石」を探す旅に出るのだった…。
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